|Description-Après le retour d'atlantis sur terre dans la saison 5, Richard Woolsey est retiré du commandement d'Atlantis et Mc Kay en prend la tête toujours avec Sheppard ^^.
Pendant 6 mois, Rodney continua ses recherches scientifiques sur Atlantis tout en gardant son commandement. La porte des étoiles originaire de pégase fut desactivée afin d'eviter des problemes avec le porte du SGC.
Le personnel scientifique resta affecté à la base et la cité fut partiellement demilitariseé.
Atlantis demeurait donc toujours sur terre, mais suite à une decouverte archeologique son destin va changer. Dans un tombeau Maya decouvert en amazonie, 2 E2PZ furent trouvés et ramenés sur Atlantis. Rodney se passa de L'accord du C.S.I et renvoya Atlantis dans la galaxie de Pégase avec le soutiens de l'U.S AIR FORCE et du Pentagone sur M4X-639 Surnommée Atlanta par Rodney et John, les activités de la cité reprennent lentement et de nouvelles aventures se préparent. Et de nouveaux Ennemis et Alliées feront leurs apparitions.
Il y a longtemps, entre la génération des Anciens et la notre, une société évoluée, presque au niveau des Lantiens, ils se nommaient < l'organisation Ancestrale >, au fil du temps, ils ont decouvert les secrets jamais révelés, les mystères de l'univers. Mais un jour, une de leur découverte changea leurs vies, nul ne sait vraiment par quel mal, ils furent rongés, on sait seulement que leurs membres d'os et de chairs n'étaient devenu que poussière et fumée noirâtre, d'après les écrits de l'époque ramenés recement par Daniel Jackson, ils se déplacaient tel des nappes de brouillard tenebreux, ils pouvaient aussi parait-il posséder les esprits faibles. Leur disparition n'est pas expliquée. Mais aujourd'hui quelqu'un les aurait reveillées. Ils reviennent !!