Deux anciens amis dirigent deux camps opposés: D'un coté Magneto, qui veut voir les mutants au sommet de tous. De l'autre, Charles Xavier, qui essaye de les intégrer au sein de l'humanité. Parallèlement , le gouvernement mène des activités obscures sur la génétique des Mutants. Cherchant à créer des mutants surpuissants, afin de s'en servir comme arme contre les autres mutants. Ce projet est aux mains de William Stryker, qui ne demande pas mieux que de laisser libre cour à sa haine et sa violence. Eh oui, les mutants existent, mais ils sont rejetés par ceux qui connaissent leur existence. De quel côté serez vous ? Resterez vous avec les simples humains, Ou participerez vous à leur déchéance?